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Nel 2015 i mutamenti climatici causati dal Second Impact si sono stabilizzati e l'umanità si è adattata al nuovo ecosistema. La Nerv ha avanzato i propri studi producendo tre unità Evangelion: le Unità 00, 01 e 02. Il quattordicenne Shinji Ikari, dopo aver trascorso dieci anni separato da suo padre Gendō, si reca a Neo Tokyo-3 per incontrarlo, essendo stato scelto come pilota dell'Eva-01, a bordo del quale deve affrontare gli angeli in qualità di Third Children. Trasferitosi definitivamente in città, Shinji va a vivere presso la sua nuova tutrice, Misato Katsuragi, conosce le sue colleghe Rei Ayanami, pilota dell'Eva-00, e Asuka Sōryū Langley, pilota dell'Eva-02, e stringe amicizia con i suoi nuovi compagni di classe Tōji Suzuhara e Kensuke Aida.