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Nella quinta stagione, che si svolge sei anni dopo la fusione dei reattori nucleari, una nave "trasporto prigionieri" atterra nell'unico spazio verde rimasto intatto sulla Terra. Lì, Clarke e Madi, una ragazza terrestre sopravvissuta all'ondata di radiazioni che sei anni prima aveva colpito la Terra, avevano stabilito la loro dimora. Nel frattempo Octavia avendo creato un unico clan (la Wonkru), tenta di tenere uniti i sopravvissuti nel bunker. Contemporaneamente, la navicella dei ragazzi scappati in orbita intorno alla Terra approda nella valle. Comincerà così la lotta per il possesso dell'unico punto abitabile del pianeta tra Diyoza e i suoi uomini e i protagonisti. Le alleanze cambiano durante la stagione e infine McCreary lancia una bomba sopra l'"Eden", distruggendolo. I sopravvissuti, sulla navicella (Eligius IV), decidono di ibernarsi per dieci anni finché la Terra non sarà di nuovo abitabile. 125 anni dopo, Clarke e Bellamy si risvegliano e c'è ad aspettarli Jordan Jasper Green, il figlio di Monty ed Harper, i quali non si sono ibernati ma hAnno avuto una vita insieme sulla navicella. In un video, Monty spiega che la Terra non sarà più abitabile, e che però ha scoperto un nuovo pianeta. Clarke e Bellamy, abbracciati, guardano il nuovo pianeta.