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Per molti anni i supereroi sono stati al servizio dei cittadini e hAnno combattuto il crimine con i loro superpoteri ma, a causa dell'accrescersi del malcontento popolare e delle perplessità dei governi di fronte agli ingenti danni economici che i loro interventi provocano, i "super" sono costretti a porre fine alla loro attività di lotta contro il crimine, a ritirarsi e ad integrarsi nella società. Quindici anni dopo tale avvenimento, Robert "Bob" Parr ed Helen Parr, una coppia sposata di ex-supereroi, in passato noti, rispettivamente, come Mr. Incredible ed Elastigirl, conducono una vita "normale" in un contesto medio-borghese. La coppia ha tre figli: Violetta, Flash e il piccolo Jack-Jack. Violetta e Flash hAnno già i superpoteri: la prima può rendersi invisibile e creare impenetrabili campi di forza, mentre il secondo può correre a velocità elevatissime; Jack-Jack non manifesta ancora nessuna particolare abilità.

Frustrato dalla monotonia del suo lavoro come impiegato liquidatore in una compagnia assicurativa, Bob cerca segretamente di contribuire al benessere del prossimo aiutando i clienti della compagnia a svantaggio della stessa, venendo spesso ripreso dal suo capo per questo. Inoltre, ricordando la sua vecchia vita da supereroe, interviene anonimamente sventando piccoli crimini e salvando persone in pericolo insieme al suo amico Lucius Best, anche lui ex-supereroe, conosciuto con il nome di Siberius per la sua capacità di manipolare il ghiaccio.

Una sera, dopo essere stato licenziato per aver gravemente ferito il suo capo in uno scatto d'ira, Bob trova nella sua valigetta da lavoro un misterioso palmare, che gli mostra un videomessaggio di Mirage, una donna che afferma di lavorare per il governo e di aver bisogno dell'aiuto di Mr. Incredible per una missione segreta: l'Omnidroide 9000, un robot da combattimento dotato di intelligenza artificiale, è sfuggito al controllo umano e deve essere neutralizzato. Allettato dal compenso economico, ma soprattutto entusiasta di tornare ad essere un supereroe, Bob telefona a Mirage e accetta di partecipare alla missione, tenendo sua moglie all'oscuro di tutto.

Mr. Incredible viene mandato su un'isola sperduta nell'oceano, dove incontra l'Omnidroide e lo combatte, riuscendo a sconfiggerlo grazie alla sua grande forza fisica. Tornato a casa, Bob si reca da Edna Mode, una stilista che in passato disegnava e produceva le tute dei supereroi, per chiederle un rammendo al suo costume. Trovandolo assai fuori moda, Edna disegna una tuta tutta nuova per Mr. Incredible e, a sua stessa insaputa, anche per il resto della sua famiglia.

Alcuni mesi dopo, Mirage contatta nuovamente Bob per affidargli un altro incarico; Mr. Incredible si reca subito sull'isola della missione precedente, ma qui si imbatte in una nuova e migliorata versione dell'Omnidroide, che lo sconfigge con facilità. Poco prima che Mr. Incredible venga ucciso, interviene Sindrome, un criminale padrone dell'isola che si rivela essere Buddy Pine, un ragazzino fan di Mr. Incredible che desiderava diventare suo aiutante, ma che era stato respinto. Rimasto profondamente deluso dal suo idolo, Buddy era cresciuto maturando odio nei confronti dei supereroi e aveva fatto fortuna producendo armi ad alta tecnologia.

Riuscito a fuggire da Sindrome, Mr. Incredible trova la sua base segreta e accede al suo computer. Il supereroe viene dunque a conoscenza dei piani di Sindrome: l'Omnidroide era stato perfezionato sconfiggendo e uccidendo molti super che erano stati chiamati a combatterlo sull'isola proprio come Mr. Incredible. A breve, Sindrome invierà l'Omnidroide in una città sulla terraferma, creando caos e distruzione. Nel frattempo, Helen nota che la vecchia tuta del marito ha subito una riparazione. Insospettita, la donna contatta Edna, che la invita nel suo palazzo per mostrarle le nuove tute per lei e i suoi figli. Helen scopre così che Bob ha lasciato il suo lavoro di impiegato e ha ripreso la sua attività da supereroe. Preoccupata, la donna attiva il localizzatore presente sulla nuova tuta di Mr. Incredible al fine di scoprire dove si trova, ma così facendo segnala involontariamente la presenza nella base segreta del marito, che viene catturato.

Helen decide di andare ad aiutare suo marito e raggiunge l'isola dove lo ha localizzato con un aereo privato. Sull'aereo si sono però nascosti i suoi figli maggiori, Violetta e Flash, che hAnno lasciato Jack-Jack ad una baysitter per seguire la madre, preoccupati per lei. Poco prima di arrivare a destinazione, l'aereo viene intercettato e abbattuto da alcuni missili provenienti dall'isola e lanciati da Sindrome. Sconvolto dall'idea di aver perso moglie e figli, Mr. Incredible afferra Mirage e minaccia di stritolarla, ma Sindrome lo lascia fare, sfidandolo. Sconfitto, Bob lascia andare la donna, che comprende la differenza tra il valore del supereroe e il cinismo di Sindrome. Poco dopo, Mirage libera Mr. Incredible e lo informa che la sua famiglia è sopravvissuta e si trova sull'isola.

Helen è infatti riuscita a mettere in salvo sé stessa e la sua famiglia, cadendo in mare in seguito all'esplosione dell'aereo. Raggiunta l'isola di Sindrome, Helen nasconde i suoi figli in una caverna e si infiltra nella base segreta del criminale, dove si ricongiunge con il marito. I due scappano dalla base e si riuniscono con i figli, ma Sindrome trova e cattura l'intera famiglia. Mentre l'Omnidroide 10000 è già stato mandato sulla terraferma e sta seminando panico e distruzione in un centro abitato, Sindrome svela le sue intenzioni: interverrà per sconfiggere l'Omnidroide e diventerà il nuovo idolo della folla, rimpiazzando i vecchi supereroi che tanto odia. Mr. Incredible, Elastigirl, Flash e Violetta riescono però a liberarsi grazie ai superpoteri di quest'ultima e, con l'aiuto di Mirage, raggiungono con un razzo la città attaccata dall'Omnidroide, dove Sindrome sta già combattendo sotto gli occhi della popolazione. Il criminale controlla il robot tramite un telecomando, ma ben presto perde il controllo dell'Omnidroide e viene attaccato e sconfitto. Unendo le forze, Mr. Incredible, Elastigirl, Violetta e Flash, insieme a Siberius, riescono a distruggere il robot, tornando ad essere benvisti dalla popolazione.

Bob, Helen, Violetta e Flash fAnno ritorno a casa, ma qui trovano Sindrome che, per vendicarsi degli avversari che gli hAnno rubato la scena, vuole rapire il piccolo Jack-Jack per allevarlo e farlo diventare un nemico della sua stessa famiglia. Mentre Sindrome cerca di portare il piccolo sul suo aereo, Jack-Jack si ribella e inizia a trasformarsi in vari modi, mostrando per la prima volta dei superpoteri. Sindrome è costretto a lasciarlo andare e promette di tornare un giorno per riprendersi Jack-Jack, ma a quel punto Mr. Incredible gli scaraventa contro un'auto: il criminale finisce risucchiato da un reattore del suo aereo, che esplode.

Tre mesi dopo questa vicenda, la famiglia Parr appare molto più serena. Violetta è diventata più sicura di sé e ottiene un appuntamento con un suo affascinante compagno di scuola, Tony Rydinger, di cui si era invaghita da tempo. Flash può finalmente praticare sport e partecipa ad una gara di corsa, controllando i suoi superpoteri e arrivando secondo. Al termine della competizione, un'enorme trivella emerge dal sottosuolo e un nuovo criminale, il Minatore, si presenta dichiarando guerra alla pace e alla felicità. Bob, Helen, Violetta, Flash e Jack-Jack indossano le loro maschere e si preparano ad entrare in azione per fermarlo.