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Aladdin si intrufola nel rifugio di alcuni briganti, insieme ad Abù e Tappeto, per impadronirsi dei tesori da loro rubati e distribuirli alla gente di Agrabah. Dopodiché si reca a palazzo, dove discute con Jasmine di un'importante cena che si sarebbe tenuta quella sera col Sultano, in cui si scopre che il sovrano ha intenzione di nominare Aladdin suo nuovo Gran Visir.

Intanto, Iago e Jafar, dopo essere stati seppelliti nel deserto al termine del primo film, riescono finalmente a ritornare in superficie. Jafar ordina a Iago di liberarlo dalla lampada, ma Iago, stanco di essere maltrattato da lui, getta la lampada in un pozzo e ritorna ad Agrabah, sperando di convincere Aladdin di aver servito Jafar solo perché costretto da un incantesimo, anche se non è così, per cercare di farselo amico ed avere accesso ad una vita facile a palazzo. Incontra Aladdin e insiste sulla sua innocenza, ma Aladdin è troppo furbo per farsi imbrogliare e tenta di catturarlo.

Nell'inseguire Iago, Aladdin si imbatte nei predoni che aveva derubato il giorno prima, e che quindi vogliono ucciderlo, ma Iago, coinvolto nello scontro, riesce per caso fortuito a salvarlo. Per questo, Iago guadagna il rispetto di Aladdin che ora è in debito, e fa ritorno con lui al palazzo. Alla reggia, Aladdin è raggiunto dal Genio, di ritorno dal suo viaggio intorno al mondo. Quella sera, durante la cena, mentre Aladdin tenta di presentare Iago al Sultano, il pappagallo viene quasi ucciso dalla tigre Raja e poi dalle guardie, ma viene difeso da Aladdin, che insiste che c'è del buono in lui, dato che gli aveva salvato la vita. Ed è in questo momento che Iago comincia a provare simpatia per Aladdin.

Nel frattempo Abis Mal, il capo dei briganti sconfitti al mercato, trova per caso la lampada di Jafar dentro il pozzo dove era stata buttata. Da quando Jafar è stato trasformato in un genio alla fine del primo film, è impossibilitato dalla mancanza di un "padrone". Jafar vuole uccidere Aladdin e liberarsi dalla lampada per dominare Agrabah, ma per farlo ha bisogno della collaborazione di Abis Mal, essendo vincolato dagli obblighi del suo status di genio. Decidono così di unire il loro odio per Aladdin e si alleano per perseguire il loro scopo. Nonostante Abis Mal sia il suo padrone, è Jafar a dominare la situazione e a dimostrare al furfante che, nonostante non possa ucciderlo, può rendergli la vita impossibile, in caso disobbedisca.

Jafar si fa portare a palazzo da Abis Mal, che riesce ad intrufolarsi senza essere visto. Lì, ritrova e punisce Iago, obbligandolo a unirsi a lui, con suo grande dispiacere dato che si è affezionato ad Aladdin e non vuole tradirlo. Costringe Iago a portare Aladdin e il Sultano in un posto dove lui e Abis Mal possano tendere loro un'imboscata e rapire il vecchio monarca. Dopo la partenza di Aladdin, Jafar fronteggia il Genio nei giardini del palazzo, per impedire che possa intromettersi con la sua magia. Visto che Jafar alla fine del primo film aveva espresso di divenire un genio più potente del suo omologo, riesce a sconfiggerlo e lo rinchiude in un globo magico dove il Genio buono non può usare i suoi poteri. Dopodiché, Jafar intrappola tutti i protagonisti nelle segrete del palazzo.

Nel frattempo, Aladdin e il Sultano, volando sopra Tappeto, vengono portati da Iago in un posto misterioso, dove sono assaliti da cavalieri volanti incappucciati (si scoprono poi essere Jafar trasformato in ognuno di loro). Il Sultano viene rapito e Abis Mal riesce a gettare Aladdin giù da una cascata. Tuttavia, Jafar lo salva, perché è ancora utile al suo piano. Lo stregone si congratula poi con Iago, ma il pappagallo è perplesso e dispiaciuto per l'accaduto.

Tornato a palazzo, Aladdin, dopo essere stato arrestato da Razoul e i suoi soldati e portato in prigione dove ebbe luogo il suo interrogatorio, viene accusato ingiustamente da Jasmine di aver ucciso il Sultano, e condannato a morte. L'esecuzione avverrà all'alba. Solo successivamente si scopre che in realtà era Jafar, trasformato nella "falsa" Jasmine, e la vera principessa era ancora rinchiusa in cella. Poco prima che Aladdin venga decapitato, Iago viene assalito dai rimorsi e spezza il globo in cui è rinchiuso il Genio, permettendogli di salvare il giovane. Porta poi in salvo tutti protagonisti e, riuniti, decidono di fronteggiare Jafar. Il Genio rivela che l'unico modo per sconfiggere un genio è distruggere la sua lampada. Iago, però, decide di non partecipare, in quanto l'impresa, secondo lui, è troppo rischiosa.

I protagonisti tentano quindi di prendere la lampada di nascosto, mentre Abis Mal e Jafar stAnno discutendo, ma vengono scoperti: comincia così una battaglia che vede tutti contro Jafar per il possesso della lampada. Questi sconfigge il Genio e il Tappeto, utilizzando la sua magia, e trasforma i giardini del palazzo in una distesa di lava incandescente. Aladdin, aggrappato a un picco roccioso che sprofonda nella lava, cerca in tutti i modi di raggiungere la lampada per distruggerla, ma senza successo; quando le cose sembrano volgere al peggio, però, Iago sopraggiunge e, dopo essere stato colpito gravemente da Jafar, riesce a gettare la lampada nella lava, dove si scioglie e con essa si dissolve anche lo stregone.

Finita la battaglia Aladdin, Iago, Jasmine, Abu, Rajah, il Sultano e il Genio possono stare finalmente insieme.