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Nella seconda stagione fAnno ritorno numerosi volti noti della saga: Dart Fener, chiamato dall'Imperatore a fermare i ribelli di Lothal dopo la morte del Grande Inquisitore, Ahsoka Tano, ex padawan Jedi di Anakin Skywalker che ha lasciato l'ordine durante le guerre dei cloni, il capitano Rex, uno dei pochi cloni ad aver disubbidito all'Ordine 66 rimuovendo il chip, Hondo Ohnaka, ex pirata negli anni delle guerre dei cloni e Maul, un tempo apprendista Sith di Palpatine e che ora cerca di fare di Ezra il suo allievo. In questa stagione l'equipaggio riesce a scappare da Lothal, ma da questo momento non hAnno più a disposizione una base, fino a quando non ne trovano una sul pianeta Atollon. Intraprendono comunque missioni di supporto alla popolazione locale di alcuni pianeti e recuperano munizioni per la flotta ribelle. I protagonisti fAnno la conoscenza di Ryder Azadi, vecchio amico dei genitori di Ezra, e devono affrontare il Quinto Fratello e la Settima Sorella, inquisitori incaricati da Fener di cacciare i Jedi rimasti. Nel finale di serie, su consiglio di Yoda, Ezra, Kanan ed Ashoka si recano su Malachor per capire come sconfiggere i Sith. Sul pianeta Ezra incontra Maul, il quale convince il giovane a prendere un holocron Sith, situato in cima ad un tempio. Maul, dopo aver sconfitto i due inquisitori - giunti sul pianeta per trovare e uccidere l'ex Sith - acceca Kanan e fugge via con un'astronave. Intanto Fener, arrivato su Malachor per impedire ad Ezra di portare via l'holocron, finisce per scontrarsi con Ahsoka, la quale permette a Kanan ed Ezra di fuggire dal tempio prima che questo esploda.