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La settima e ultima stagione vede le guerre dei cloni ormai vicine alla conclusione. Nel primo arco narrativo Anakin Skywalker e Rex, con l'aiuto di una squadra di cloni commando modificati nota come "Bad Batch", si infiltrano in una base separatista su Anaxes per capire come mai i loro avversari conoscono tutte le loro mosse in anticipo. La loro missione li porta su Skako Minor, dove scoprono che la Tecno Unione usa Echo, clone creduto morto sulla Cittadella, come computer per scopi strategici. Il secondo arco narrativo mostra le vicende di Ahsoka Tano che, dopo aver lasciato l'ordine Jedi, cerca di rifarsi una vita nei bassifondi di Coruscant. L'ex padawan, accompagnata dalle sorelle Trace e Rafa Martez, se la dovrà vedere con il sindacato del crimine dei Pyke. Il terzo e ultimo arco narrativo si svolge in concomitanza con gli eventi de La vendetta dei Sith: i primi due episodi si concentrano sulla riconquista di Mandalore da parte di Ahsoka e sulla conseguente sconfitta di Maul, mentre gli ultimi due mostrano come Ahsoka e Rex riescono a sfuggire all'Ordine 66, emanato da Darth Sidious e che segna la caduta dei Jedi e la nascita dell'Impero galattico.