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Scully incontra l'agente John Doggett, a capo di una task force formata per cercare Mulder. Anche se la ricerca non ha successo, Doggett viene assegnato all'unità X-Files e inizia a lavorare con Scully a diversi casi. Quando Scully apprende che molte donne sono state rapite e ingravidate con bambini alieni, inizia ad avere dubbi sulla propria gravidanza, scoperta alla fine della stagione precedente. Doggett introduce Scully a Monica Reyes, un'agente dell'FBI specializzata in crimini ritualistici. Poco dopo il corpo di Mulder senza vita viene rinvenuto di notte in una foresta. Dopo il funerale dell'agente, Skinner viene minacciato da Krycek, che vuole costringerlo a uccidere il bambino di Scully prima che nasca. Billy Miles, abdotto diverse volte e scomparso la stessa notte in cui era stato rapito Mulder, viene ritrovato apparentemente senza vita. In realtà mostra ancora debolissimi segni vitali e in seguito viene completamente resuscitato in piena salute. La stessa esperienza si ripete con Mulder. Recuperate le forze, guarito anche dal tumore, Mulder indaga su diversi x-files per i quali gli era stato ordinato di non farlo, disubbidendo quindi agli ordini; viene poi licenziato lasciando a Doggett la guida dell'unità. Mulder continua però a collaborare in modo non ufficiale. Accettando malvolentieri l'assistenza di Krycek, Mulder, Doggett e Skinner scoprono che un virus alieno creato recentemente da membri del governo ha rimpiazzato diversi umani, compresi Miles e vari altri funzionari di alto livello dell'FBI, con cosiddetti Super Soldati. Krycek afferma che i soldati sono virtualmente invincibili e hAnno il compito di assicurarsi che gli umani non sopravvivano alla colonizzazione della Terra. Temono anche che il bambino di Scully sia "speciale". Quando Miles arriva al quartier generale dell'FBI, Mulder, Doggett, Skinner e Krycek aiutano Scully a fuggire con Reyes, il quale la porta in una remota fattoria. Poco dopo Skinner uccide Krycek, Scully partorisce un bambino apparentemente normale mentre i Super Soldati la circondano. Senza spiegazioni, gli alieni si allontanano quando Mulder giunge sul luogo. Mentre Doggett e Reyes fAnno rapporto all'FBI, Mulder conduce Scully e il neonato, William, al suo appartamento.