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A Washington, Mulder presenta all'FBI le sue esperienze in Antartide, ma gli viene negata la riassegnazione all'unità X-Files: Mulder e Scully sono rimpiazzati da Jeffrey Spender e Diana Fowley. Dopo che uno scienziato del Consorzio accidentalmente entra in contatto con l'olio nero generando la gestazione di un alieno, Mulder e Scully tentano di rintracciare la creatura a Phoenix, prima che riesca a catturarla il Consorzio. Più tardi, Skinner è misteriosamente avvelenato da un'infezione di nanorobot. Il colpevole si rivela essere Krycek, che controlla la nanotecnologia potenzialmente debilitante nel corpo di Skinner al fine di raggiungere i suoi obiettivi. Mulder e Scully apprendono che gli alieni ribelli hAnno bruciato i dottori che avevano lavorato su Cassandra. Dopo averla trovata, lei li informa che gli alieni sono sulla Terra per distruggere tutta la vita e che lei è un ibrido umano-alieno. L'uomo che fuma rivela tutto a Diana Fowley, che accetta di aiutarlo tradendo Mulder. Fowley conduce con la forza Mulder, Cassandra e Scully ad uno dei centri per la prevenzione e il controllo delle malattie, a Fort Marlene. Nel frattempo, il Consorzio si raduna ad un check point, pronto per essere portato via dai colonizzatori, che si stAnno preparando per l'invasione. Tuttavia, sono raggiunti dagli alieni ribelli, che li inceneriscono tutti, compresa Cassandra, mentre l'uomo che fuma e Fowley riescono a fuggire. Jeffrey Spender è poi ucciso dall'uomo che fuma. Molti mesi dopo, un artefatto metallico con iscrizioni è scoperto su una spiaggia della Costa d'Avorio. Dopo che Mulder esamina l'oggetto, cade in un grave coma. Sperando di trovare una cura per il partner, Scully si reca in Africa e scopre un gigantesco relitto di una nave spaziale, parzialmente sepolta nell'oceano.