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Inseguito da un assassino responsabile del ritrovamento di un falso cadavere alieno, Mulder sfrutta l'occasione per fingere la sua morte. Usa quindi tale distrazione per infiltrarsi al Pentagono per trovare una cura per Scully, mentre questa riesce a svelare un collegamento tra il Consorzio e l'FBI. Mentre una razza aliena ribelle attacca diversi gruppi di abdotti, gli agenti incontrano Cassandra Spender, una donna che afferma di essere stata rapita molteplici volte e vuole rivelare un messaggio positivo sugli alieni. Più tardi, Mulder pone Scully sotto ipnosi per apprendere la verità sul suo rapimento, mentre Cassandra scompare e suo figlio, Jeffrey Spender, cerca di fare carriera nell'FBI. Il Consorzio, nel frattempo, accelera i test per il vaccino contro l'olio nero, sacrificando a tal fine anche propri agenti. In seguito, l'assassinio di un grande maestro internazionale di scacchi guida Mulder e Scully in un'indagine che colpisce il cuore dell'unità X-Files, scoprendo che il vero bersaglio era un ragazzo telepatico, Gibson Praise.