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Quando il Consorzio sospetta che uno dei suoi membri sta passando informazioni a Mulder e Scully, organizza una trappola per individuarlo, usando informazioni sulla sicurezza della madre di Mulder come esca. Mr. X viene scoperto e ucciso, ma non prima di essere in grado di fare il nome di un altro informatore a Mulder e Scully, Marita Covarrubias, rappresentante speciale del segretario generale delle Nazioni Unite. L'aiuto di Covarrubias è presto richiesto quando Mulder deve raggiungere una località sul fiume Tunguska Pietrosa in Russia per investigare una nuova contrazione del virus olio nero. Mentre è lì, viene imprigionato in un gulag e usato, con successo, come cavia per testare un vaccino contro il virus. Riesce poi a scappare e fare ritorno negli Stati Uniti, dopo aver anche scoperto che Krycek sta lavorando con i russi.A Scully viene diagnosticato un cancro, che le fa sorgere incertezze sul suo futuro all'FBI. Mulder è convinto che la causa della malattia sia stata il suo rapimento alieno, ed è pronto a stringere un accordo con il Consorzio per trovare una cura. Viene però dissuaso da Walter Skinner, che fa un accordo del Genere personalmente di nascosto.