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Mulder viene ritrovato e salvato da Hosteen. Nel frattempo, Scully indaga sul possibile collegamento tra il programma per l'eradicazione del vaiolo e le sperimentazioni genetiche sugli uomini, scoprendo che uno scienziato nazista, il quale aveva disertato durante l'operazione Paperclip, ha condotto esperimenti volti a creare ibridi umani-alieni. La sorella Melissa viene uccisa da assassini che la scambiano per lei. Durante le indagini su un'autopsia aliena, Mulder si ritrova su un treno che trasporta un ibrido umano-alieno. Mulder rimane quasi ucciso dagli agenti del Consorzio, ma viene salvato dal suo informatore Mr. X. Scully, nel frattempo, si incontra con un gruppo di donne con esperienze di rapimenti alieni simili alla sua, e conosce un membro del Consorzio noto con il nome di First Elder, che le spiega come durante il suo rapimento sia stata trasferita su un vagone simile a quello trovato da Mulder, nel quale scienziati giapponesi hAnno sperimentato su di lei.
L'equipaggio di una nave francese che cerca di recuperare il relitto di un sottomarino della Seconda guerra mondiale dal fondo del mare rimane ustionato da misteriose radiazioni, e uno dei membri contrae il virus "olio nero", anche detto cancro nero. Il virus, che controlla il corpo del marinaio, si trasferisce nella moglie e viaggia fino a Hong Kong alla ricerca dell'intermediario che ha messo in vendita segreti governativi, che anche Mulder sta cercando. Mulder individua Alex Krycek a Hong Kong ed il virus si trasferisce nel corpo dello stesso Krycek. Scully scopre che il sottomarino era venuto in contatto con l'olio nero mentre era alla ricerca di un aereo militare precipitato. L'infettato Krycek raggiunge una base balistica in cui è nascosto un UFO; il virus lascia Krycek ed entra nella navicella. Nel frattempo, Scully riesce a trovare Luis Cardinal, l'assassino di sua sorella Melissa.