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Senza poter continuare il suo lavoro con Scully, Mulder ottiene informazioni su un possibile contatto extraterrestre nel Porto Rico, scoprendo che il programma SETI presso il radiotelescopio di Arecibo è in procinto di chiudere. Alla coppia viene in seguito consentito di riprendere il lavoro sugli x-files. Scully viene rapita da un instabile personaggio vittima di molteplici rapimenti alieni, Duane Barry. Barry porta Scully su una collina dove viene rapita, apparentemente da alieni. Viene ritrovata in un secondo momento in stato comatoso nei pressi di un ospedale, recuperando le forze diversi giorni dopo. Mulder riceve una telefonata dal padre, dal quale apprende che la sorella Samantha, rapita da bambina, ha fatto ritorno. Samantha viene inseguita da un cacciatore di taglie mutaforma che ha già assassinato vari cloni umani. Samantha viene uccisa, anche se è poi rivelato che si trattava solo di uno di diversi cloni creati con tessuto alieno dai colonizzatori allo scopo di produrre ibridi umani-alieni.
I Pistoleri Solitari riferiscono a Mulder e Scully del riuscito tentativo di un loro amico di penetrare il sistema informatico del Dipartimento della difesa. L'hacker, Kenneth Soona, riesce a consegnare a Mulder le sue scoperte su una cassetta digitale, ma viene presto assassinato. I file consegnati sono inoltre scritti in lingua navajo; Mulder si deve quindi rivolgere ad un uomo Navajo, Albert Hosteen, per capirne i contenuti. Il nipote di Hosteen fa vedere all'agente un vagone abbandonato contenente quelli che sembrano corpi alieni. Mentre è all'interno del vagone, sul posto sopraggiunge l'uomo che fuma, antagonista principale della serie, che dà fuoco al vagone.