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Polis si risveglia dal controllo di A.L.I.E.. Nella confusione e nell'incertezza, i guerrieri di Azgeda, guidati provvisoriamente da Echo (ex-prigioniera di Mount Weather e alleata di Bellamy in quel frangente), imprigionano e sono pronti ad uccidere gli Skaikru ancora presenti nella capitale (Clarke, Bellamy, Kane, Abby, Murphy, Jaha, e Octavia). Re Roan viene curato dalle ferite e una volta ripresosi ascolta le motivazioni di Clarke, decidendo di mantenere la Coalizione di Lexa per permettere agli Skaikru di trovare una soluzione. Inoltre, Clarke accresce il suo potere affidandogli la fiamma (il chip di A.L.I.E. 2 che contiene lo spirito dei comandanti) e quindi il controllo sulla futura Ascensione, in attesa di un altro natblida che possa succedere a Lexa. Kane e Octavia restano nella capitale per proteggere la pace del re, mentre Clarke, Bellamy e gli altri tornano ad Arkadia per cercare una soluzione che possa salvare tutti. Luna arriva con ciò che resta del suo popolo decimato dall'esposizione acuta alle radiazioni. L'unica a sopravvivere sarà la ragazza stessa, grazie al suo Sanguenero: Clarke e Abby capiscono quindi che può rappresentare la loro salvezza. Seguendo le indicazioni di Jaha e guidati da Emori, la ragazza terrestre di Murphy, Abby, Raven e Luna, con un manipolo di guardie, partono alla volta dell'isola dove è ubicato il laboratorio di Becca. Qui Raven scopre come Becca ha creato il Sanguenero: nello spazio, perciò, dopo aver scoperto che nel laboratorio è nascosta una navicella spaziale, decide di adoperarsi per farla partire e sintetizzare la sostanza che potrebbe salvare tutti dalle radiazioni. Intanto, Clarke e Bellamy portano avanti il piano B: riparare ciò che resta dell'Arca per difendersi dall'ondata di radiazioni. Roan scopre di non essere stato informato su questo progetto, per cui decide di rompere l'alleanza con gli Skaikru e i Trikru loro alleati. Piano B che ha però comunque vita breve: Ilian, terrestre appartenente ai Trishanakru, incolpa gli Skaikru delle azioni riprovevoli che ha commesso sotto l'influenza di A.L.I.E.. Introdottosi ad Arkadia, Ilian fa esplodere quello che resta dell'Arca, attirando l'ira degli Skaikru, i quali vogliono ucciderlo, e solo grazie all'intervento di Jaha e Kane riuscirà a salvarsi. Octavia, a capo della rivolta contro Ilian, decide di lasciare nuovamente gli Skaikru. Nel frattempo Clarke, Bellamy e Roan trasportano le taniche di carburante necessarie per il decollo e l'atterraggio della navicella trovata da Raven nel laboratorio di Becca. Arriva la pioggia nera su Arkadia e Bellamy va in aiuto di quelli rimasti fuori; mentre Octavia e Ilian rimangono in una caverna durante la pioggia. Intanto sull'isola Clarke, Murphy ed Emori si scontrano con un uomo che Emori sostiene la tormentasse (ma non è la verità) e lo usano come cavia per testare la resistenza del Sanguenero alle radiazioni. Utilizzando il midollo di Luna, Clarke diventa una Sanguenero; nel frattempo Jaha e Kane trovano un bunker sotterraneo in grado di ospitare 1200 persone, le quali verrAnno scelte dai 12 clan.