Nell'ultima stagione Gordon, Bruce e il GCPD lavorano duramente per riportare l'ordine a Gotham City dopo il crollo dei ponti e l'abbandono della città da parte del governo, mentre Oswald, Barbara Kean, Bridgit Pike, Fries, lo Spaventapasseri e tanti altri si stabiliscono in alcuni territori della città. Selina resta paralizzata a causa di Jeremiah Valeska, ma assume un seme da Ivy Pepper che la guarisce, pur cambiandole personalità. Una squadra militare chiamata Delta Force, guidata da Eduardo Dorrance, un vecchio compagno d'armi di Gordon, giunge a Gotham apparentemente per ristabilire l'ordine sotto la guida di Theresa Walker, ma rivela presto di avere in mente oscuri progetti per la città. Gordon, che nel frattempo è diventato padre di una bambina avuta dopo un rapporto occasionale con Barbara, con l'aiuto di Bruce, Selina, Lee, Barbara, Oswald e Edward, alleatisi per contrastare Dorrance e la Walker, riescono alla fine ad avere la meglio. L'episodio finale, ambientato dieci anni dopo la conclusione della vicenda, mostra come tutti i protagonisti abbiano assunto la loro personalità definitiva, con Bruce Wayne finalmente diventato Batman.