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La serie inizia con Sarah Manning, artista della truffa, testimone del suicidio di una donna, Beth Childs, che sembra essere la sua doppelgänger. Sarah assume l'identità e l'occupazione di Beth (come detective della polizia) dopo la morte di Beth. Durante la prima stagione, Sarah scopre di essere un clone, di avere molti cloni sorelle; diffusi in Nord America e in Europa e che fAnno tutti parte di un esperimento illegale di clonazione umana, inoltre qualcuno sta complottando per uccidere tutte loro. Accanto al fratello adottivo, Felix Dawkins, e a due sue cloni, Alison Hendrix e Cosima Niehaus.

Sarah scopre così l'origine dei cloni: un movimento scientifico chiamato Neoluzione. Il movimento ritiene che gli esseri umani possano utilizzare le conoscenze scientifiche per orientare la loro evoluzione come specie. Il movimento ha una base istituzionale nella grande, influente e ricca società biotecnologica, il Dyad Institute, che sembra essere guidato dal Dr. Aldous Leekie. Il Dyad Institute conduce ricerche di base, fa pressione sulle istituzioni politiche e promuove il suo programma di eugenetica, con l'aiuto del clone Rachel Duncan. Cerca anche di trarre profitto dalla tecnologia che i cloni incarnano e ha quindi inserito degli osservatori nella vita personale dei cloni, presumibilmente per studiarli scientificamente, ma in realtà per tenerli sotto sorveglianza. Sarah scopre di essere ricercata anche dalla polizia e da un gruppo religioso segreto, i proletani. Una fazione dei proletani compie gli assassinii del clone, perché essi credono che i cloni siano abominazioni e usano la sorella gemella biologica di Sarah, Helena, per uccidere gli altri cloni (Sarah e Helena condividono una madre surrogata e sono gemelle sia geneticamente che per quanto riguarda l'ambiente materno precoce).

Alla fine, il Dyad Institute e i Proletani apprendono che Sarah ha una figlia, Kira, l'unica prole conosciuta di un clone; tutti gli altri cloni sono sterili. Nascerà così una vera e propria caccia per scoprire i motivi della fertilità di Sarah e della magnifica composizione genetica della figlia, cura per tutti i cloni ad una malattia genetica letale.