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Ziva è stata catturata da alcuni terroristi somali e la squadra fa ritorno in Israele per liberarla. Al termine della missione Ziva decide di ritornare negli Stati Uniti, venendo accolta nell'ufficio con affetto. Le vicende della stagione si incentrano poi sul colonnello Bell, collegato a Paloma Reynosa e Alejandro Rivera. I due sono entrambi figli di Pedro Hernandez, l'assassino di ShAnnon e Kelly Gibbs, a sua volta ucciso da Gibbs in cerca di vendetta molti anni prima. I due riescono a catturare l'agente speciale minacciandolo di uccidere le persone a lui care, partendo da suo padre.