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Leroy Jethro Gibbs, agente del NCIS di Washington è a capo di una squadra composta dall'agente operativo Anthony DiNozzo, dall'analista forense Abby Sciuto e dal medico legale Donald Mallard. Dopo un caso che coinvolge l'Air Force One (il jet privato del Presidente degli Stati Uniti) alla squadra si aggiunge Kate Todd. L'arco narrativo dell'intera stagione è legato ad Ari Haswari, inizialmente sospettato di essere un terrorista, in quanto aveva preso in ostaggio una parte della squadra di Gibbs, ma in realtà un agente del Mossad, infiltrato in un gruppo terroristico e protetto dall'FBI. Nell'ultimo episodio Gibbs spara ad Ari sostenendo che questo renderà più credibile la sua copertura al ritorno in Medio Oriente.