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Nel futuro prossimo, una razza di alieni giganteschi dalle sembianze biologiche (a metà fra vegetali ed insetti) viene individuata pericolosamente vicino al Sistema solare. Nel monitorare i loro progressi, gli umani intuiscono che la loro intenzione è quella di distruggere la razza umana esattamente come il sistema immunitario si disfa dei batteri nocivi; l'intuizione viene confermata dall'aggressività degli alieni, dalla distruzione di una stella simile al Sole (sfruttata dagli alieni come nido di cova) e dal loro progressivo avvicinarsi al pianeta Terra. L'umanità è quindi costretta a rispondere con l'attacco. Per l'occasione, vengono coinvolte tutte le risorse terrestri al fine di creare una flotta di astronavi da combattimento e dei robot guerrieri giganti. Questi ultimi sarAnno pilotati dai migliori adolescenti del pianeta, convocati dalle apposite scuole di allenamento sparse per tutto il mondo.
La storia comincia nell'Anno 2015, non molto dopo la prima battaglia contro gli alieni, e si concentra sulle vicende della giovane Noriko Takaya (タカヤ ノリコ Takaya Noriko?). Il padre di Noriko, deceduto sotto il fuoco avversario, fu uno dei principali ammiragli della flotta spaziale responsabile del successo ottenuto contro i primi attacchi nemici. Durante la serie, grazie all'aiuto dei suoi compagni tra cui la bella e talentuosa Kazumi Amano (アマノ カズミ Amano Kazumi?), Noriko subirà una sensibile crescita psicologica e combatterà contro i dolori della guerra, l'incomunicabilità tra persone, la sua stessa mancanza di autostima e soprattutto i terribili effetti che comportano vivere a velocità prossime a quelle della luce.